Το 3ο Γυμνάσιο Σύρου ιδρύθηκε το 1988.
Αρχικά στεγάστηκε στις εγκαταστάσεις του Μπαμπαγιώτειου Ορφανοτροφείου για να μεταφερθεί στην συνέχεια στο συγκρότημα των Γυμνασίων στον Ξηρόκαμπο.
Σήμερα, στο Σχολείο φοιτούν 197 μαθητές και μαθήτριες, που προέρχονται κυρίως από τους εκτός πρωτεύουσας οικισμούς του νησιού.
Για τον λόγο αυτό, μεσοπρόθεσμο στόχο αποτελεί και η μετεγκατάσταση του Σχολείου σε περιοχή εκτός της Ερμούπολης , σύμφωνα και με την σχετική απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου.
Τον Σεπτέμβριο του 2017, και έπειτα από άοκνες προσπάθειες της Διεύθυνσης και του Συλλόγου Διδασκόντων, ιδρύθηκε και λειτουργεί επαρκώς Τμήμα Ένταξης, μία δομή που παρεμβαίνει με εξατομικευμένα προγράμματα διδασκαλίας στα παιδιά με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες.
Ως βασική προτεραιότητα το 3ο Γυμνάσιο θέτει την καλλιέργεια πνεύματος αυτοσεβασμού και αλληλοσεβασμού, με σκοπό να διαμορφώσει χαρακτήρες ικανούς να συμπορευτούν με τους συνανθρώπους τους αρμονικά και δημιουργικά. Πιστεύει στην επίμονη άσκηση του διαλόγου, στην αμοιβαία κατανόηση και καλοπροαίρετη συνεργασία όλων των μελών που συναποτελούν τη σχολική κοινότητα.
Παράλληλα, με την εκπόνηση προγραμμάτων που καλλιεργούν τις ποικίλες δεξιότητες των μαθητών, επιδιώκει την διασφάλιση των προϋποθέσεων, όχι μόνο της αριστείας, αλλά και της ομαλής ένταξης των παιδιών στην σύγχρονη και διαρκώς μεταβαλλόμενη κοινωνία.
